L’Assemblée Générale estivale de la CEVPU désigne tous les ans le bureau et la commission permanente. La présidence de la CEVPU, élue pour un an renouvelable une fois, fait figure de « porte-parole » des étudiants vice-présidents des universités françaises.
Le bureau pilote l'association en accord avec les propositions votées en assemblée générale.
La commission permanente accompagne le bureau dans la mise en place du pilotage stratégique de l'association.
Le conseil de surveillance est l'organe caution du bon fonctionnement de l'association.